Was ist das für eine Plattform? Evtl. wäre es eine gute Idee, ein neues System aufzuziehen und dann nur die Daten übertragen, die Christoph Morrison genannt hatte...?
(Der Fehler könnte nämlich auch auf einen SD-Kartendefekt hinweisen.)
Ansonsten könnte man die beiden wichtigsten Datein ggf. auch mal aus dem svn ziehen (fhem.pl und 98_update.pm) und dann nochmal versuchen, den update-Prozess anzuschubsen.
(Im Übrigen teile ich die Verwunderung jedenfalls dann, wenn das System irgendwie eine Verbindung in das Internet hat...).