a) Einzelne Devices wegzuspeichern ist weder vorgesehen noch sinnvoll. Ich halte es auch (jedenfalls ohne eine komplett andere Datenbanklösung) für unmöglich.
b) "Einmal-at" kann man speichern, indem man nur die statefile wegsichert, ohne gleich die ganze Konfiguration abzuspeichern. Letzteres halte ich für problematisch, und bei configDB wird afaik auch bei einem "save statefile" immer die komplette Konfiguration gespeichert.
c) "set ... active" ändert ein Reading. Wird das wegen eines Absturzes nicht gespeichert, sind wir wieder am Anfang.
[OT @Gisbert] GGf. einen separaten Thread starten. Wenn vorher nichts auffälliges im Log steht, würde ich auf systemd als Verursacher tippen, was bedeutet, dass dein System hin und wieder hängt, warum auch immer; es gibt Tools dazu wie Freezemon. Speicherprobleme halte ich für eher unwahrscheinlich, aber das zu monitoren kann auch nicht schaden.
Würde auf schlecht optimierte Eventverarbeitung iVm. sehr vielen Events tippen.