Hmmm, habe das bisher auch nicht im Detail getestet, aber hast du mal versucht, bei einem der GW's eine Node-ID manuell vorzugeben?
Also
#define MY_NODE_ID 1
in den Code für's "neue" GW einpflegen (vorausgesetzt, die "1" ist noch frei). Die Attribute und Automatismen in FHEM kommen ja erst zum Tragen, wenn die ID noch nicht auf der Node gespeichert ist.
Was sonst noch zu beachten ist: Neue Nodes werden immer bei dem GW angelegt, das zuletzt definiert wurde (also in der cfg weiter hinten steht, so man .cfg nutzt). Da muß man ggf. das IO ändern, sonst kann es auch sein, dass die neue Node unvollständig angelegt wird (nach Anpassung des IO's noch einen Reset der Node machen), und auch Befehle dahin nicht ausgeführt werden können.