na, ich befürchte so einfach wird das nicht. Mein Setup wäre 10k pullup extern, kein interner pullup, active low. Der Eingang ist via optocoupler und einem sehr kurzen Kabel (max 10cm) angebunden.
Das Ding lief auf meinem Schreibtisch problemlos Tage-Wochen, dann habe ichs in den Keller getragen und zusätzlich mit der Lüftung verbunden (ebenfalls OC, also galvanisch getrennt) und sobald die Lüftung läuft habe ich da reproduzierbar "Müll" (sehr kurze impulse) an GPIO (IRQ). DER Gpio wiederum hat aber überhaupt nix mit der Lüftung zu tun (ist ein 50Hz Netzfrequenz Sensor).
Ich sehe keine Möglichkeit für Masseschleifen, das Netzteil ist galvanisch getrennt, alle in und out hängen an OC, passiert trotzdem. Ich konnte die Störungen nicht mal auf dem oszio sehen. Das müssen elektrische Einstrahlungen oder sowas sein. Deckt sich auch mit Deiner Erfahrung: Hier Batteriebetriebenes Oszi (kein Netzteil!), ich muss nur mit dem Masse kabel an die Masse vom PI gehen, schon ändert sich das Bild ...